Papers ejecutables en el DFD2014

El 26 de Marzo de 2014 se celebró el Document Freedom Day en todo el mundo, y la Oficina de Software Libre de la Universidad de Granada organizó una sesión de conferencias en las que tuve la oportunidad de participar como ponente con una exposición sobre Ciencia Abierta y Publicaciones Ejecutables. En esta charla pude presentar algunos temas de discusión sobre ciencia abierta que han surgido al lo largo de mi participación en el proyecto de Canube y EU FP7 Wf4Ever, ambos con una clara vocación de difundir la ciencia abierta y reproducibilidad en la ciencia. Y es que el acceso libre a los datos no implica ciencia reproducible, y en realidad la ciencia no necesita este adjetivo, pero en los tiempos que corren la crisis de la reproducibilidad en ciencia es un hecho. Esto conlleva muchas veces un desprestigio de la ciencia, donde gran parte de las publicaciones que se realizan no admiten adjetivos como repetible, reproducible o reutilizable. Esto es aún más sangrante cuando se trata de publicaciones científicas en las que todos y cada uno de los elementos y procesos que intervienen forman parte del mundo digital, y el mayor obstáculo para conseguir el status de reproducible debería ser en teoría puramente técnico.

La mayor parte de la ciencia que se realiza ahora tiene una alta componente colaborativa, y además es altamente especializada. Promover el intercambio, el descubrimiento y el acceso a los recursos digitales que intervienen en la producción científica debería mitigar la reinvención y acortar el tiempo de aprendizaje y producción, algo necesario cuando se tienen en cuenta las costosas inversiones tecnológicas en infraestructuras científicas. Pude presentar algunas de las iniciativas lideradas por grupos de científicos, técnicos y editores, que complementan las publicaciones tradicional en papel con otras publicadas en formatos digitales más interactivos. Entre los principales objetivos de estos esfuerzos están la mejora de la reproducibilidad y la claridad de los resultados científicos, que van más allá del archivo PDF estático, fomentando la reutilizacióny una explotación más eficiente de los recursos digitales disponibles.

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Ciencia digital: reproducibilidad y visibilidad

Gran parte de la ciencia que se realiza es ciencia digital, desde las propuestas de trabajo hasta la publicación final, pasando por los datos y el software utilizado: cada uno de los elementos y acciones que intervienen en la producción científica podría registrarse en soporte electrónico. Este hecho no impide que el resultado final de un experimento sea aún difícil de reproducir. Este procedimiento puede ser largo, tedioso, no fácilmente accesible o comprensible, incluso para el propio autor.

En el campo de la Astronomía disponemos de una rica infraestructura de archivos, datos observacionales y publicaciones. El Virtual Observatory (VO) es una iniciativa de carácter internacional cuyo objetivo es facilitar el acceso a todo tipo de información existente en archivos astronómicos, cuya utilidad aumentará con su visibilidad. Esta infraestructura podría utilizarse de forma mucho más eficiente si disfrutáramos de una mayor visibilidad de la producción científica que evite las reinvenciones y duplicación de esfuerzo. La reproducibilidad es uno de los pilares del método científico, y la extracción de información relevante en el diluvio de datos actual y futuro es clave en Astronomía. 

El grupo AMIGA (integrante del equipo de CANUBE) participa en el proyecto europeo “Wf4Ever: Advanced workflow preservation technologies for enhanced Science” con el fin de posibilitar la preservación de la metodología en repositorios semánticos escalables que faciliten su descubrimiento, acceso, inspección, explotación y distribución. Estos agregados digitales están compuestos por todos aquellos elementos que intervienen en la producción científica, muchos de ellos distribuidos en distintas librerías digitales y archivos. 

La difusión constituye el núcleo de las actividades y objetivos de CANUBE, principalmente la difusión del trabajo científico de los componentes siguiendo los principios de ciencia abierta. En este sentido, CANUBE pretende realizar un esfuerzo importante en la trasmisión a la comunidad científica de los principios de ciencia abierta, reproducibilidad y visibilidad. Los experimentos digitales y workflows científicos desarrollados por el grupo AMIGA serán publicados en la plataforma de acceso  público MyExperiment como “objetos de investigación” digitales cuyos principales constituyentes son los workflows científicos. Con ello se pretende proporcionar un acceso abierto a una interpretación científica clara del experimento, asegurando no tanto la automatización del experimento, sino su reproducibilidad, re-utilización, evaluación y revisión.